为迎接经济全球化的挑战,加快建设知识产权强国的战略性目标应运而生。在自贸区追求贸易自由与便利的同时,这一战略强化了知识产权边境保护制度在自贸区的适用,反之,自贸区知识产权边境保护制度为知识产权强国战略提供制度保障。自上海自贸区成立以来,区内的知识产权边境保护制度陷入困境:一方面,自贸区内的转运货物、涉外贴牌加工以及平行进口等贸易业态对传统的知识产权边境保护制度造成了冲击,旧有的制度已经无法满足自贸区对贸易自由和便利的追求;另一方面,自贸区内知识产权边境保护与贸易自由存在冲突;对海关在自贸区内进行知识产权执法的正当性进行质疑;知识产权法与海关法在自贸区内的适用存在冲突。为了改善自贸区知识产权边境保护的困境,自贸区知识产权边境保护制度应充分吸取欧美的合理经验:(一)充分保持边境保护执法过程中的贸易高度自由化;(二)立法与司法对自由区知识产权边境保护执法实践的推进。经过本论文的研究,我们必须加强顶层设计,追求自贸区知识产权边境保护法治化。具体而言,这些完善措施包括:(一)强化自贸区内知识产权边境保护的多元维权与贸易壁垒的功能性特征,体现自贸区内知识产权边境保护与贸易自由化之间的双重价值;(二)用“公示-评论-解释”程序完善自贸区知识产权边境保护;(三)完善自贸区知识产权边境保护制度体系;(四)加强自贸区知识产权争议解决的非诉机制与诉讼机制的衔接及互动。