货币政策的有效传导要求利率的市场化，利率市场化的前提是高度整合的金融市场。而国债市场的整合和收益率曲线的完善是利率市场化的关键。本文着重研究在市场分割的条件下，银行间、交易所国债市场收益率的相互关系，并在此背景下研究货币政策冲击在两个市场传导的异同。以国债期限结构主成分差值为主要指标反映两市场收益率分割度，通过门限误差修正模型和向量自回归模型研究两市场期限结构主成分的相互动态关系以及货币政策冲击对两市收益率分割度的影响。　　实证结果表明，两市场期限结构主成分存在非线性关系;同时，紧缩性货币政策导致两市场收益率分割度扩大，扩张性货币政策下收益率分割度减小。究其原因，作为银行间国债交易市场主体的商业银行是作为资金的供给方并以债券面值计算收益，而交易所市场中的投资者是资金的需求方且以债券市值考核投资业绩;因此，商业银行对短期政策利率的变化没有交易所市场投资者敏感，尤其是在从紧的货币政策下，央票利率的提高在交易所市场的传导速度和强度大大超过在银行间市场的影响，因为从紧的政策对中小投资者的挤压远远大于对商业银行的调节作用。　　本文的创新主要在于以下三个方面:第一，从期限结构的角度衡量银行间、交易所国债两市场的分割，而不是考虑在实际应用中存在"息票效应"问题的到期收益率。具体而言，本文设计了一个全新的指标--两市场期限结构主成分差值来衡量市场分割度。第二，使用门限误差修正模型(TVECM)，研究两市场之间的相互关系，该模型放松了原误差修正模型(VECM)的假设，认为各变量对长期均衡关系的短期调整具有阶段性特征。第三，通过 VECM和向量自回归(VAR)模型，讨论货币政策冲击对两市收益率分割度的影响。