茄子（Solanum melongenaa L.）是茄科（Solanaceae）茄属（Solanum L.）喜温蔬菜,对低温敏感,温度是茄子生长发育的主要限制因素之一,温度低于15℃时茄子生长受到抑制,低于5℃时茄子茎叶部受到低温冷害,在0℃以下茄子则受到冻害而死亡,当田间生产中茄子遭遇低温时会发生冷害,影响其产量和品质。喀西茄（Solanum aculeatissimum Jacq.）是茄子近缘野生种,具有强耐冷性,是茄子耐冷性研究的重要材料。MicroRNA（miRNA）作为植物生长发育的重要调节器,在转录后水平调控不同的生物和代谢过程中调节基因的表达,如参与调控温度、干旱、盐碱和营养胁迫等非生物胁迫。本研究以喀西茄作为试验材料,采用高通量测序和生物信息学分析等技术挖掘喀西茄低温胁迫响应miRNAs及其靶基因,并深入研究耐冷相关miRNAs在低温下的表达模式和应答低温胁迫的功能。主要研究结果如下:1、以1℃低温处理2h、6h、12h、24h（CA）和未处理0h（CK）的喀西茄叶片进行高通量测序,转录组数据库共筛选到61657个差异表达基因,miRNA测序共筛选到306个保守miRNAs,存在239个差异表达miRNAs。联合转录组和miRNA分析,其中存在190个差异表达miRNAs能够预测到相应共1134个mRNAs。此外每个miRNAs存在多个靶基因,每个靶基因又可能受多个miRNAs调控。2、筛选得到喀西茄耐冷相关miRNAs共84个,其中56个下调miRNAs和28个上调miRNAs分别对应了 220个上调相关mRNAs和94个下调相关mRNAs;此外,预测了 52个耐冷相关新miRNAs。喀西茄低温胁迫下差异表达miRNAs的靶基因主要涉及分子功能中催化活性和结合、细胞成分中细胞和细胞部分以及生物过程中单一生物过程和生物调节等GO功能条目;真核生物中的RNA转运、RNA降解和核糖体生物发生等具体的KEGG途径。高通量测序结果和qRT-PCR技术显示,miRNA与靶基因存在负调控的作用方式。3、选取下调表达miR5813的前体序列pre-miR5813和靶基因Ser/Thr protein kinase（STPK）进行序列分析,pre-miR5813经BLAST 比对到茄子基因组中>Sme2.5₀3005.1基因,克隆得到约55 bp的前体序列。靶基因STPK全长为2791 bp，开放阅读框（ORF）为2466 bp,编码821个氨基酸。