随着国内医药行业并购活动的加速发展，对企业的合理估值日益成为市场迫切需要解决的问题。如今，越来越多的并购都参照资产评估结果来定价，而且对目标公司估价准确与否很大程度上决定了交易的成败，如果不能真实客观地评估企业价值，就可能损害并购双方的利益。因此，为了使估值合理公允，对估价影响较大的评估方法的选择和运用，毫无疑问地成了交易各方关注的重点。选择医药行业并购的价值评估方法研究原因有两点：一是近几年我国医疗体制改革政策推动了医药行业并购交易的发展，对价值评估越来越重视；二是医药行业是一个传统和现代结合的产业，对评估方法的要求具有多样性。这都说明医药行业对并购的价值评估需求旺盛，具有较好的代表性。本文以2006年1月1日到2011年12月31日的158宗医药公司的并购交易为研究对象，结合定性和定量的方法对评估方法的使用状况研究。首先，采用定性地分析和总结了国内外文献综述、并购评估方法的理论基础和该行业并购的发展与存在问题；其次，定量地统计分析医药行业并购的评估数据，并且定性地对评估的主要影响因素（评估目的、价值类型和关联交易）以及评估方法与评估增值情况的关系进行研究；然后，利用本文的分析方法对医药行业并购的典型案例——红日收购康仁堂——进行简要分析。最后，总结了现阶段医药行业并购评估方法的使用状况，分析存在的一些问题并给出政策建议。