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企业是自主创新的主体，发展创新型企业是实施自主创新战略的重要举措。创新型企业融资是首先需要解决的问题，利用不完全契约理论研究融资机制设计是一个更加贴近事实的视角。本文首先对创新型企业性质及其融资契约关系进行了界定，然后重点探讨融资契约中的控制权配置、阶段性融资以及资本退出问题，建立了一个阶段性融资下的控制权配置模型。在理论研究的基础上，本文对中国创新型企业试点，及其必备的风险投资和创业板市场在中国的发展进行概括评价，并从不完全契约理论角度分析现状的不足，提出了可行的政策建议。