20世纪70年代，随着新公共管理运动的兴起以及公众民主和参与意识的进一步加强，以评价与监督政府部门所管理的公共资源和公共资金支出的经济性、效率性和效果性为目标和内容的政府绩效审计被引入到国家审计的职责领域，并成为实现公共管理目标的重要手段和工具。在我国，随着政府管理体制改革的不断深入，国家审计也从传统的财务审计发展为财务审计与绩效审计并重的一种审计形式，并且正逐步扩大绩效审计的比重。　　然而，我国公共管理体制、经济社会发展水平、财经秩序状况以及审计工作发展现状决定了我国不能像发达国家那样开展全面的绩效审计。我国的绩效审计工作应立足我国实际情况，突出重点。专项资金具有财政投入大、政策性强、社会关注密切的特点，关系到人民群众的切身利益和社会稳定。因此，在现有条件下，我国应把绩效审计的重点放在专项资金绩效审计上来，在揭露严重损失浪费和国有资产流失的同时，注重评价资源利用和管理上的有效性，以及其经济效益和社会效益，并以此作为财务审计向绩效审计发展的战略选择。　　专项资金绩效审计工作的核心内容之一就是对专项资金的绩效进行评价，而目前最直接的难题正是来自于评价指标体系的构建。因此，如何从审计的角度构建专项资金绩效评价指标体系是当前政府绩效审计工作亟待解决的问题，这也是本论文研究的目的和重点。本论文以系统论为理论基础，将专项资金绩效评价指标体系划分为三个子系统，即评价标准、评价指标和评价方法。在对专项资金及其绩效进行充分分析的基础上，本论文运用国际上流行的等级评分法与层次分析法构建评价指标体系，以充分衡量专项资金的经济性、效率性和效果性。评价指标体系建立了一种动态的指标设置与选取机制，既包括共性指标又包括特性指标，既包括定量指标又包括定性指标。在等级评分法的作用下，各项指标被层层细化，具有较强的适用性和可操作性;而层次分析法的采用较为科学地为指标体系中各层级指标赋予权重。