近年来随着马鞍列岛海域的渔业资源的衰退趋势无法得到有效地缓解,众多研究者积极采取研究措施从各个方面探究导致渔业资源的衰退现状的原因。本研究通过利用分子生物技术与传统形态学鉴定相结合的方法,对2014年夏季在马鞍列岛海域的皮氏叫姑鱼进行了胃含物分析,发现皮氏叫姑鱼的空胃率可达到84.65%,而使用传统的观测方法仅获得包括口虾蛄(Oratosquilla oratoria)、日本鼓虾(Alpheus japonicus)、沙蚕(Nereis)、日本蟳(Charybdis japonica)幼体在内4种胃含物,而其余占总食物团质量的92.65%为无法辨认的食物糜,其中不可辨认的虾类占3.25%、蟹类31.14%。针对无法鉴定的食物残渣提取组织DNA,采用线粒体细胞色素C氧化酶亚基I(Mitochondrial cytochrome oxidase subunit I,COI)作为分子标记,利用获得的基因在Genbank中进行同源性分析,并利用MEGA6.0构建N-J系统进化树,最终鉴定出6种虾类、2种鱼类、1种蟹类,分别是中华管鞭虾(Solenocera crassicornis)、鲜明鼓虾(Alpheus distinguendus)、巨指长臂虾(Palaemon macrodactyl)、日本鼓虾(Alpheus japonicus)、中国毛虾(Acetes chinensis)、日本鳀(Engraulis japonius)等9种胃含物种类,两种方法的结合可以鉴定出13种食物种类,占该海域2009年全年12次分月调查中796尾皮氏叫姑鱼样本(采用传统形态学鉴定方法)鉴定胃含物后所获得的种类数(19种)的68.4%(未包括鉴定结果中的皮氏叫姑鱼);本研究中所获得的基因序列在Genbank中的相似度达到97%以上。通过对皮氏叫姑鱼的胃含物中不可辨认食物组分的鉴定,在较大程度上解决了对食物团中未知成分物种组成的困惑;同时,检测到以往传统方法中未曾发现的种类,发现皮氏叫姑鱼的食物基础更加丰富,增加了我们对皮氏叫姑鱼摄食来源的认识,可以获得更加多样化的食物来源信息。总体来说,准确而充分的食性分析可以为岛礁海域渔业资源管理和渔业情报提供基础参考数据。另外,在鱼类长期的进化过程中,不同鱼类逐渐形成了自己特有的摄食行为,并且在形成自己的摄食习性的过程中,形成了与适应生长发育繁殖的肠道细菌群落结构,而这些细菌群落与鱼类机体自身的营养需求、免疫功能、系统发育等都具有密切联系。为了研究鱼类的食性特征和肠道微生物种类结构特征的相关性,我们利用Miseq技术原理,通过高通量测序获得保守区及其之间的可变序列,本研究中的可变序列为Miseq测序平台中已有的V3-V4可变区,基于这些序列利用QIIME平台计算不同鱼类的肠道微生物菌落的多样性及差异性。研究结果表明,鮸鱼、黄姑鱼、皮氏叫姑鱼、褐菖鲉、海鳗和星康吉鳗的肠道细菌主要分为6个菌门,分别是厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、放线菌门(Actinobacteria)、酸杆菌门(Acidobacteria)和绿弯菌门(Chloroflexi)。在所有研究对象的肠道中,梭状芽胞杆菌的含量最大,而在变形菌纲中γ-变形菌所占比例最多,并在部分鱼类肠道中检测出酸杆菌门和绿弯菌门。因此,鱼类的摄食种类对肠道菌落的影响比较明显,营养级在本研究中与肠道菌群没有直接相关关系;通过研究野外自然环境条件下的鱼类肠道微生物群落结构,可以对选择养殖鱼类品种、经济鱼类的健康养殖、鱼类疾病的预防与控制提供参考,而关于鱼类肠道微生物种类多样性的研究也可以为马鞍列岛海域养殖水体的微生态制剂的研发提供数据支持。