系统地理学是一门研究遗传谱系空间分布状况和成因的学科。该学科的研究结果有助于揭示物种形成的规律，评估生物多样性及形成，制定生物的保护策略等。中国南方地区经历了多个重大的地质历史事件，拥有复杂多样的地理特征，但目前该区域的系统地理学研究还比较有限。选取了广泛分布于中国南方地区的棘蛙类群为对象，从种间和种内不同的尺度进行了系统地理学的研究。研究结果显示中国南方棘蛙类群具有隐存的物种多样性，揭示该区域物种多样性还没有被充分认识，应得到更多的关注;另外，中国南方地区古地质和古气候的演变是影响该类群种间和种内谱系分化的主要影响因素。　　第一章，简要概述了系统地理学这门学科。从该学科首次被提出来，到该学科新近的发展，介绍了该学科的概念、研究内容、研究意义、一般的研究思路、新的研究方法，和一些经验模式。另外，总结了中国南方地区系统地理学研究的概况，并介绍了两栖类物种在系统地理学研究中的应用和价值。　　第二章，进行了中国南方地区棘蛙类群种间尺度的系统地理学研究。收集了覆盖该类群分布地的59个地点的120个样品，应用一段线粒体基因和两段核基因为分子标记，构建了线粒体基因的系统发育关系和核基因的网络图，计算了棘蛙类群的遗传分化程度，估算了各支系的分化时间。研究结果揭示中国南方地区的棘蛙类群具有隐存的物种多样性。另外影响该类群谱系分化的主要因素是中国南方地区季风气候的形成和中国二三级阶梯的差异。同时结果提示为了该类群的可持续生存，某些物种和地区应该得到重点优先保护。　　第三章，以前一章种间尺度的研究为基础，选取了分布范围较广的棘腹蛙为对象，进行了种内尺度的系统地理学研究。经过进一步样品收集，共获得了45个地点的340个样品。应用一段线粒体基因和一段核基因内含子片段，构建了系统发育关系，计算了棘腹蛙的遗传分化，估算了其时间和空间历史，并使用三种方法计算了其群体历史。研究结果揭示棘腹蛙具有比较古老的遗传分化，推测西南地区的地质历史事件是棘腹蛙群体分化的主要因素;长江中上游水系的贯通促进了该物种从长江上游地区分布到长江中游;而第四纪冰期的气候波动对该物种并没有显著的影响。另外结果显示四川盆地的西南地区是线粒体支系的二次接触地带，该区域是棘腹蛙的遗传保存库，应该得到优先保护。　　第四章，对本论文的工作进行了总结，指出中国南方地区在全球生物多样性保护中具有重要地位，该地区迫切需要得到深入全面的研究。同时基于目前的结果，提出可以进行的下一步工作。二次接触地带是研究物种形成的天然平台，可以使用二代测序的方法获得大量核基因信息，进行物种形成和物种保持机制的深入研究。