环形RNA在急性早幼粒细胞白血病中的鉴定与功能研究

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急性早幼粒细胞白血病(acute promyelocytic leukemia,APL)是一类由于t(15;17)染色体易位形成的PML/RARα融合蛋白引起的基因调控异常的血液系统恶性疾病。基因调控研究的逐渐深入不断揭示新的机制参与APL的发生。随着RNA深度测序方法的丰富以及生物信息分析技术的发展,学者们发现基因调控远比以前认识的复杂。环形RNA(circular RNAs,circRNAs)是一类最新发现的在基因调控中发挥重要作用的调控分子。虽然circRNAs的功能和机制研究才刚刚起步,由于其具有数量众多、保守性高、组织特异性强、结构稳定且不易降解等特征,其在调控细胞增殖、分化、凋亡等细胞基本功能方面的作用正逐渐被认识。这些研究提示circRNAs参与了多种生物学途径及疾病的发生发展,包括肿瘤。然而,目前为止在APL的发病及治疗过程中关于全转录组水平的circRNAs表达谱及其变化规律尚不清楚。本论文通过ribo-minus RNA-seq测序技术识别并鉴定了与APL发病及治疗密切相关的circRNAs表达谱,并探索了两个特征circRNAs,circ-RELL1和circ-HIPK2的初步功能及机制。首先,我们通过对来源于APL患者的NB4细胞株进行全转录组测序,检测到了4,620条APL细胞表达的circRNAs,其中1,430条为新发现的circRNAs。针对APL细胞中检测到的circRNAs,我们对其展开了全面的特征分析,发现其是一群在APL细胞中种类众多、细胞表达特异且主要来源于外显子区域的非编码RNA,经转录后的反向剪切机制而形成。我们随机挑选了部分circRNAs,通过RT-qPCR及RNaseR抵抗实验鉴定了其在NB4细胞及APL病人样本中的真实性及稳定性。其次,我们识别并鉴定了NB4细胞在全反式维甲酸(all-trans retinoic acid,ATRA)诱导分化前与分化后24及48小时的circRNA表达谱,通过对三个时间点的circRNAs的表达变化进行比较,筛选出了95条上调和60条下调的circRNAs,并发现其主要呈现出一种独立于宿主线性mRNA表达变化的调变规律,提示其在APL发病及治疗过程中发挥着潜在的功能。最后,我们选取了其中两条调变明显的circRNAs,即circ-RELL1和circ-HIPK2,通过表达干扰实验,发现这两个circRNAs在NB4细胞分化进程中发挥着促进细胞分化的功能。进一步通过Targetscan和miRanda预测与luciferase报告基因实验,初步探索了circ-HIPK2能竞争性地与miR-124-3p相结合,而发挥microRNA海绵体的作用。这一研究将拓展我们对于APL在环形RNA调控层面的认知,为系统诠释APL的异常调控及有效治疗机制提供了理论依据,并为其他白血病的研究提供了思路。
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