【摘 要】
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该文提出了一种基于Java和XML的系统生物学建模系统BioDesigner的设计和实现.BioDesigner提供了友好的可视化的用户界面,使得系统生物学研究者能够方便地完成生化反应网络的
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该文提出了一种基于Java和XML的系统生物学建模系统BioDesigner的设计和实现.BioDesigner提供了友好的可视化的用户界面,使得系统生物学研究者能够方便地完成生化反应网络的建模工作.系统以直观的图形化方式显示网络,可以帮助生物学家清楚地理解网络的结构;而建立的模型采用了系统生物学标记语言来进行描述,所以能够在其它软件工具之间得到有效的共享和交换,以利用这些工具对模型进行仿真和计算.BioDesigner建模系统还实现了同一些常用的仿真和计算软件的整合与协作.该文利用BioDesigner有效地建立了一个最小钙振荡模型,并利用多种工具进行仿真,从而验证了模型的正确性和系统的实用性.
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