本论文以50株分离自药用植物的内生芽孢杆菌为研究对象,采用数值分类、16S rDNA PCR-RFLP、BOX-PCR指纹图谱、16S rDNA序列分析方法对供试菌株的生物多样性、系统发育进行了系统研究,并测定了供试菌株对几种作物真菌病原菌的拮抗作用。获得以下主要研究结果:供试药用植物内生芽孢杆菌具有丰富的表型及遗传多样性。与分类地位已知的典型菌株进行比较,依据表型性状、16S rDNA PCR-RFLP及BOX-PCR的聚类分析,分别将供试菌株分为13、16和27个表观群和遗传群。表观特征表明大部分菌株具有较高的耐性。在所用的限制性内切酶中,MspI切割的带谱最丰富,是反映内生芽孢杆菌16S rDNA序列差异性的最有效的限制性内切酶。BOX-PCR指纹图谱揭示的遗传多样性更丰富,能区分种内菌株间的遗传差异性。在数值分类84%相似性水平上位于同一表观群的供试未知菌株大多分布于几个综合的BOX-PCR群内。总的来说,本研究所采用的表型分群和遗传型分群的结果在总体趋势上是一致的。依据多样性分析结果,选择代表菌株测定保守基因16S rDNA全序列,并构建系统发育树。结果表明:供试的代表菌株SCAU11与球形芽孢杆菌(Bacillussphaericus)亲缘关系最近,SCAU78和SCAU25为枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)的两个亚种,代表菌株SCAU39与巨大芽孢杆菌(Bacillus megaterium)的亲缘关系最近。16S rDNA基因全序列分析结果揭示了供试内生芽孢杆菌的系统发育关系。拮抗试验表明:供试菌株中SCAU11,SCAU10,SCAU49,SCAU33和SCAU46对玉米弯孢菌(Curvularia Lunata),小麦禾谷镰刀菌(Fusarium graminearum),串珠镰刀菌(Fusarium monifforme),玉米大斑病菌(Setosphaeria Turcica)和油菜菌核病菌(Sclerotinia sclerotiorum)有较强的拮抗作用。该结果为芽孢杆菌在生物防治方面的应用奠定了基础。