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针对落叶松种子鉴别方面的不足,本文主要对落叶松的部分叶绿体基因、线粒体基因和核糖体ITS序列进行了研究。获得了rbcL基因上的一个SNP标记可以将落叶松种子分成两组,结合线粒体特异片断f-13、B-11,可以对一些落叶松种子做出准确、快速的鉴别。1.用改良的CTAB法从落叶松种子中提取基因组DNA,用酚/氯仿/异戊醇(25:24:1)抽提三次即能比较完全的去除脂类和蛋白质,提取的DNA质量较好;2.设计PCR引物扩增出了叶绿体rbcL、matK基因,核糖体ITS1片断,选用六种内切酶HaeⅢ、EcoRⅤ、MspⅠ、XspⅠ、TaqⅠ、SphⅠ对其进行单酶切分析。检测到一个有效的SNP,rbcL基因用TaqⅠ酶切,西部、美洲和日本落叶松产生601bp的片断,而兴安、长白和杂交落叶松被切割成481bp和120bp的特异片断,这种多态性来源于在该酶切位点的一个单碱基突变:西部、美洲和日本落叶松rbcL基因的序列为TTGA,在该位点不能被TaqⅠ识别,我国的兴安、长白落叶松及杂种日本落叶松的相应序列为TCGA,能够为TaqⅠ识别。rbcL-TaqⅠ组合可以将落叶松分成两组。3.设计PCR引物扩增了在其他研究中突变率较高的短片断ITS1、ITS2,片断长度都在250bp左右。用优化的SSCP电泳对其进行分析,没有得到差异片断,对ITS1序列的测序结果验证了没有差异基因。4.为了能对落叶松种子做进一步的区分,设计PCR引物扩增了线粒体特异片断f-13和B-11,它们均由RAPD方法转化为SCARs获得。f-13在美洲、日本、兴安和长白落叶松中有目的片断扩增出来,B-11在西部、日本和兴安落叶松中有扩增片断,通过获得的SNP结合f-13、B-11特异片断,可以快速准确地区分落叶松的一些种。