【摘 要】
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计算生物学是一门新兴的交叉科学,它从实际的生物问题中抽象出计算模型,并且设计有效的算法.该文讨论了三个计算生物学问题:串联重复的复制历史重构问题、染色单体的解析问题
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计算生物学是一门新兴的交叉科学,它从实际的生物问题中抽象出计算模型,并且设计有效的算法.该文讨论了三个计算生物学问题:串联重复的复制历史重构问题、染色单体的解析问题和RNA二级结构模式的匹配问题.串联重复的复制历史重构问题要求给定串联重复的演化历史(用复制模型表示).我们设计了一个线性时间的判定算法,判定一棵给定的二叉树是否关联一个复制模型.在这个判定算法的基础上,提出了邻元交换法重构复制历史.染色单体解析问题要求推断给定的一组二倍体的单体组成.我们提出一种新的计算模型——最大简约法——解决这个问题,并根据这个模型设计和实现了一个分支限界算法.RNA二级结构模式匹配问题要求在给定序列中搜索给定的二级结构模式.我们提出了两个基于不同思想的匹配算法,都能够在三次方时间在给定序列中找出给定结构模式的所有(精确)出现位置.
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