企业孵化器对培育创业企业，促成科技成果转化，加快区域创新体系建设的意义。但孵化器在快速发展过程中仍存在很多弊端亟待解决，商业模式为孵化器管理者提供了一种系统的思考框架。本文将孵化器商业模式视为一个复杂的系统，结合自组织理论，探究系统内部的演进机理，以期为创业企业成长搭建广阔的平台，为孵化器商业模式的研究提供崭新的视角，并为孵化器管理者寻求适合自身发展的商业模式提供指导。　　首先在阅读大量国内外文献的基础上总结了国内外孵化器商业模式的研究现状，定义了孵化器商业模式演进的内涵。并立足于中国国情，明确了我国孵化器商业模式的系统内涵及主客体构成。从价值创造机理的角度将我国孵化器商业模式看作由价值主张子系统、价值创造子系统、价值传递子系统和价值实现四大子系统构成的复杂系统，并指出了系统所处的政治、经济和社会文化环境特征。其次，基于自组织理论，发现开放性、非平衡性、非线性和随机涨落是孵化器商业模式演进的条件。挖掘出组织变革、资金和技术是推动我国孵化器商业模式演进的主要内部动力，市场需求、竞争压力和政府影响是重要的三大外部动力。分析了演进条件和动力的基础上，剖析了我国孵化器商业模式自组织演进的过程。再次，在理论分析基础上，从科技部火炬中心获取了30个省市的孵化器统计数据，进行哈肯模型的试算与序参量的识别，并对势函数求解。得到主宰孵化器商业模式从无序到有序、从低级到高级演进的序参量，找到演进的临界点，发现子系统间的协同效应，得出我国孵化器商业模式的演进方程，并由此导出势函数及曲线描述，定量地分析了我国孵化器商业模式演进机理。最后，给出了促进我国孵化器商业模式演进的政策建议。