拟南芥AtDPBF4基因克隆、生物信息学分析与表达研究

来源 :兰州理工大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:zhenghao_w
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逆境条件下逆境相关的转录因子能够调节功能基因的表达,已经是众所周知的事情,由此转录因子的研究成为许多研究人员的一个新的课题,以期在基因转录水平上阐述干旱、耐盐碱等作用机理,本论文以拟南芥为研究对象,克隆转录因子ABI5家族中最小成员AtDPBF4基因,并对其序列进行生物信息学分析,在大肠杆菌中进行表达,得到纯化的目的蛋白,这对于研究该蛋白的生理学功能具有重要意义,从而为进一步研究AtDPBF4基因在拟南芥生长发育调控过程中发挥的作用奠定研究基础。具体研究内容和结果如下:  (1) AtDPBF4基因的分子克隆:以NCBI数据库中的拟南芥DPBF4基因的cDNA序列为参考序列,结合后期表达载体pET-32a的序列特征,设计上游引物和下游引物,用高保真DNA聚合酶通过RT-PCR的方法扩增得到了AtDPBF4基因。将其与克隆载体pMD-T Vector连接,得到重组质粒pM-AtDPBF4。经测序结果表明克隆得到的AtDPBF4基因全长789bp,总共编码263个氨基酸。  (2)对AtDPBF4基因序列编码的氨基酸的理化性质、细胞内定位、保守结构及高级结构进行生物信息学分析。并基于NCBI数据库中与其同源性很高的序列构建了基因进化树。结果表明:该基因可编码一条理论分子质量为29.19 kD的氨基酸,并由14个α螺旋、6个β折叠、1个β转角和10个无规卷曲组成的二级结构,在188-260氨基酸之间是一个BRLZ结构域,包含一个锌指结构。该结构域在DNA转录调控中起作用,三级结构预测表明该蛋白质在空间主要以α螺旋存在。采用近邻结合法(neighbor-joining)将NCBI中与AtDPBF4同源性大于95%以上的部分序列构建进化树,显示该基因都属于ABI家族。  (3) AtDPBF4基因原核表达载体的体外构建及原核表达:对质粒pET-32a和重组质粒pM-AtDPBF4用限制性内切酶BamHⅠ和NcoⅠ进行双酶切,经体外连接构建正确的重组表达质粒pET-AtDPBF4,选择BL21(DE3)作为宿主细胞进行转化,获得BL21/pET32a-ABI5原核表达菌株,经IPTG诱导表达,分析得知主要以可溶性蛋白表达形式存在,并研究了不同诱导剂浓度、诱导时间、诱导温度对重组蛋白表达量的影响。SDS-PAGE分析重组蛋白表达情况,结果表明:AtDPBF4在大肠杆菌中表达的适宜条件为:诱导剂浓度0.5 mmol/L、诱导时间4h、诱导温度37℃。
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