近几十年来,随着化学学科的不断发展,人类发现和人工合成的物质种类呈现爆炸式的增长。同时,计算机等相关领域的技术蓬勃发展,使得化学数据库已经成为化学研究工作中一个必不可少的工具。随着化学科学研究的不断信息化,人们对于化学信息的管理需求也在不断增长,如何快速而有效的管理数据成为化学和计算机领域内一个重要的研究目标。作为数据库中管理数据的一个重要应用,检索一直是数据库领域内的研究重点,同样,化学分子结构检索也是化学数据库领域内一个重要研究分支。由于化学分子结构的特殊性和复杂性,化学分子结构的检索又与普通数据库中检索方法有许多不同。本文主要概述了国内外化学分子结构检索领域内的研究现状,对化学分子结构在计算机内的表示方法进行了简单概括,并对本文所涉及到的SMILES和SMARTS两种化学分子线性编码的编码规范进行了详细叙述和比较。同时对开发中涉及到的相关技术进行了简单介绍,重点对CDK化学软件开发包中相关类包和子结构检索的实现机制进行了研究,提出了一个解决化学分子子结构检索方法的设计和实现方案,并在最后给出了一个简单的示范应用。