近几年来,政府与社会资本合作模式在基础设施与公用事业中得到广泛应用,使之成为支持城镇化建设,改善公共服务,加快构建现代财政制度的重要工具,也因此该模式在全国各地逐渐受到青睐。社会资本方主体参与项目建设既可以解决基础设施的资金短缺问题,更可以降低建设成本和提高运营效率。但是作为一种新生事务,我国政府与社会资本方主体对该方面均普遍缺乏经验,导致项目在实施过程中存在诸多风险和纠纷。这些问题如果未能得到妥善处理,不可避免的会触及到项目的建设完成和顺利运营问题。因此,有关特许经营类PPP项目中的争议解决方式时值关注,尤其是特许经营协议的仲裁容许性以及仲裁裁决的司法监督需要进一步讨论和追寻。笔者从行政合作的理论角度分析政府与社会资本合作的本质属性,肯定行政诉讼法司法解释将特许经营协议认定为行政协议。之后本文整理我国相关特许经营类PPP项目的司法裁判案例,分析特许经营协议作为行政协议应当选择一体化的争议解决路径,方便协议中双方纠纷的及时解决。在此理论基础之上,进一步明确特许经营协议的仲裁具有宪法容许性,但是仲裁应当约束在一定的范围内。并以域外行政合同仲裁制度为视角,研究德国与我国台湾地区的相关经验和制度,剖析我国特许经营协议争议仲裁机制的规定缺失,以期对该类PPP项目中的特许经营协议仲裁机制的建设提供意见。