在分析和评价决策单元的整体绩效时,人们常常要把一些对象同另外一些对象进行比较,从而对决策单元的绩效给出综合的评判。目前许多重要的数据分析方法,比如加权平均法、T-检验法、层次分析法、模糊综合评判法等,它们都对数据进行了合成处理。该类方法虽然可以获得数据的一般信息,但却丢失了对观察对象个性信息的考究,分析结果无法反映被评价对象的个性差异。因此,以下针对样本点加权平均化处理方法无法考虑观察对象内在差异的弱点,给出了一种基于样本评价决策单元整体有效性的非参数方法(PER-Eff),并构造了相应的数学模型。同时,对模型的含义、模型性质以及模型的求解方法进行了探讨。其次,探讨了该方法在以下几个领域中的应用:(1)个体单元有效性的度量与排序;(2)优秀单元的筛选与识别;(3)复杂系统外部条件作用的效果度量;(4)外部条件作用的规律性与趋势等。最后,以该方法为基础探讨了PER-Eff方法在工业企业经济效益综合评价中的应用,主要是针对中国西部地区11个省、市、自治区2000-2006年的工业企业经济效益状况进行了实证分析。揭示了中国实施西部大开发以来西部地区工业企业经济效益的整体趋势。