目前，我国债券市场还处于分割状态。市场分割会导致一系列问题，尤其是损失市场效率，建立统一的债券市场已经成为健全和完善我国金融体系的首要任务。银行间债券市场与交易所债券市场作为我国债券市场的重要组成部分，在我国金融体系中发挥着重要的作用，在交易制度相同的条件下，能否率先实现两市场的融合，并最终建立统一的债券市场，值得人们研究。　　两市场能否成功融合，关键取决于两市场的质量与效率。事实证明，质量与效率相同的两市场融合，所产生的负面效应最小。流动性是衡量金融市场的质量与效率的一个重要指标，是金融市场微观结构研究的核心内容。Amihud和Mendelson(1986)甚至指出:“流动性是市场的一切，是市场的灵魂”。本文以研究两市场流动性为出发点，比较分析两市场流动性的差异，并进一步研究造成两市场流动性差异的原因，以及两市场流动性短期互动关系。　　研究结果显示，第一，两市场流动性指标并不服从同一分布，市场分割所导致的流动性差异显著。第二，影响两市场流动性变化的因素并不一样。银行间债券市场对债券市场运行情况反映比较敏感，对股票市场运行情况反映并不敏感;相反，交易所债券市场对股票市场反映比较敏感，对债券市场反映并不敏感。长期债券到期收益率对银行间债券市场流动性影响比较明显，对交易所债券市场影响不明显。这些不同可能是由两市场参与者不同和两市场规模差距悬殊所造成的。第三，两市场流动性短期互动关系明显。交易所债券市场是银行间债券市场的单向格兰杰因果关系，在市场信息反映上领先于银行间债券市场，但是，交易所债券市场流动性变化对银行间债券市场冲击表现一定的滞后性，这主要是由于目前跨市套利资金规模有限所致。银行间债券市场流动性虽然对市场信息反映速度不如交易所债券市场，但是，银行间债券市场流动性的变化代表了整个金融市场的宏观流动性变化，对交易所债券市场冲击明显。