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H1N1亚型流感病毒是在人群和猪群中流行的主要流感病毒，有极其重要的经济及公共卫生意义。2008-2009年在中国山东省及福建省进行的猪流感病毒(SIV)的流行病学监测中分离到了三株H1N1亚型SW，A/Swine/Shandong/1112/2008，A/Swine/Shandong/1123/2008，A/Swine/Fujian/0325/2008。通过对八个基因片段分析表明，三个毒株中的A/Swine/Shandong/1112/2008各片段均来自典型猪源SIV，A/Swine/Shandong/1123/2008是二重组病毒，其中NS基因来自类人H3N2亚型SIV，说明不同亚型之间的流感病毒在猪体中有重排现象；而A/Swine/Fujian/0325/2008各片段均来源于典型的人季节性流感病毒，表明人和猪的密切接触导致流感病毒的跨种间传播的可能性。在对在中国地区流行的SIV及人流感病毒(包括季节性流感及2009年甲型猪流感病毒)的遗传相关性研究中发现，2009年人群中爆发的甲型猪流感病毒与猪流感病毒的亲缘关系更为相近。同时关键氨基酸位点分析也为揭示SIV与人流感病毒的遗传进化关系提供了线索。
H9N2亚型病毒不断发生重排/重组、跨种间传播感染哺乳动物的事实提示，其可能产生具有新遗传特性、致病性的具有大流行潜力的新病毒。本研究选取了15株1998至2010年分离的鸡源H9N2亚型流感病毒进行分析，以探究早年与近年在中国地区流行的H9N2亚型流感病毒的遗传特点。全基因组序列分析表明其中14株代表毒株为重组病毒：由不同基因型的欧亚系H9N2亚型病毒、欧亚系和北美系的H9N2亚型病毒、以及H9N2与H5Nl亚型流感病毒重排产生。在此次发现的3个新的基因型中，包含一类M基因属于G1-like分支，PB2基因来源未知的三重排的新型病毒基因型，与近年来中国其它一些分离株形成了一个稳定的亚系。上述研究结果证明了H1N1亚型SIV和H9N2亚型AIV进化迅速且重排复杂，提示需要加强对其密切的监测，为流感的大流行提供预警。