配置区(designzone)是种子园遗传设计的基本单元，配置区内的遗传多样性与交配系统决定了生产种子的遗传构成、品质与适应性基础，对于高阶育种周期(advanced breeding cycle)的种子园亲本选择与配置设计，子代的亲本鉴定与分子辅助选择与设计有重要的参考价值。论文以一油松初级无性系种子园配置区的有限无性系群体及其种子为样本，利用微卫星(SSR)分子标记，开展了有限无性系群体及子代的遗传多样性、交配系统、花粉传播距离及父本鉴别研究，主要研究结果有:(1)42对有产物、主带明显的引物由101对已选SSR引物中筛选出，最终选出高多态性且稳定10对引物用于试验分析;(2)检测到种子园配置区无性系群体的平均单位点等位标记数P为2.70，子代群体略高于亲代，为3.00，亲子代群体的Shannon多样性指数分别为0.60和0.59，两者相近;(3)3个配置区无性系样本群体及其子代群体的观测杂合度（Ho）均高于期望杂合度（He），遗传多样性程度高，且无性系样本群体有更高的差值，显示生长优良种质有更高的杂合遗传基础，遗传分化系数(Fst)分析亦显示研究亲子代群体均偏离哈温平衡，呈杂合子过量状态;(4)3个配置区的亲子代群体的F-统计量和基因流(Nm)显示亲子代间的分化系数小，各区群体间的基因流数值偏大，远高于自然群体;(5)在80％置信度下，样本群体子代真实父本的确定率在42％-60％，说明SSR标记可有效应用于亲子鉴别;(6)对一配置区的交配系统与固定配置关系分析结果显示，样本无性系群体的异交率为100％，且在固定配置设计下，植株的花粉散布随距离增加呈指数变化;(7)相邻配置区间有良好的基因交流（样本区外花粉率估值为11.88％）。研究结果表明对于种子园的遗传管理、新种子园设计和BWB育种策略的实施可提供有益的理论与技术参考。