随着经济全球化和区域经济一体化的发展,区域主义日渐兴起,如欧盟、北美、东盟等区域经济安全合作组织纷纷建立,以区域合作的方式应对全球化浪潮已成为世界经济发展的大趋势。在亚洲,次区域经济安全合作正在成为区域主义的一种新表现形式,大湄公河次区域合作就是亚洲次区域合作的初步尝试。湄公河发源于中国青藏高原唐古拉山北麓,自北向南先后流经中国的青海、西藏、云南三省区以及下游的缅甸、老挝、柬埔寨、越南,泰国等国,共六国,在越南的胡志明市西部入海,该流域具有内河、界河和多国河流的多种属性,水资源开发管理较为复杂。为了保护流域的公共利益,流域各国正尝试通过对话和合作,来寻找—条适合该流域各国实际状况的、易于接受的、最有效的水资源开发利用方案。目前主要有四大合作机制：GMS、东盟—湄公河流域开发合作、新湄委会、“成长四角”。其中,GMS是主要的合作机制,成为大湄公河次区域展开经济合作的主要组成部分。它推动解决各国之间在经济和社会领域存在的矛盾与分歧,从而促进了各成员国经济、社会领域的交流和合作。当前,大湄公河次区域虽然已建立不少合作机制,但现有的安全机制因缺乏权威性与代表性,域外国家的参与导致的复杂化,相对欠缺非政府组织的参与机制,使这些机制制度化水平比较低,实际效力很有限,尤其是针对实质性问题的解决存在很大的不足,严重阻碍了大湄公河次区域水资源安全合作的进程。深入分析现有合作机制产生的问题,可以发现主要原因是：大湄公河次区域国家间的差异性较大,同质性较少；大湄公河次区域国家主权意识普遍强烈,对于国家利益的关切超过了对于湄公河流域整体利益的需要；域外大国的介入增加了对大湄公河次区域水资源安全合作的复杂性；大湄公河次区域水资源安全合作缺乏多边主义和制度主义的支持；大湄公河次区域各国公民社会的发展相对落后,导致次区域非政府组织的参与受限。因此,大湄公河次区域水资源安全合作亟需构建一种新的治理框架,即通过“多层治理”的形式,调节各机制和各行为体的关系,避免多种治理机制在功效上的交叉牵制,提高合作效率,实现利益共享,同时监督各主权国家的行为,使其决策和行动科学化,以有效地推动该次区域的水资源安全合作。