论文部分内容阅读
- I -研究蛋白质与相应配体分子复合物的结构及配体与蛋白质的相互作用对阐明蛋白质的功能、作用机制和基于结构的药物设计具有重要的指导意义。目前,X–ray、NMR等技术为蛋白质及其与配体复合物结构的测定提供了有效的实验手段。然而,实验手段的局限性也阻碍着研究的进展。分子模拟技术既能有效克服实验手段的局限性,也能为进一步实验研究提供参考方向,其重要性和优越性正日益受到人们的重视。二甲基精氨酸二甲胺水解酶(DDAH)可以调节一氧化氮合酶(NOS)的活性。所以,能有效地调节DDAH的活性对治疗由NOS功能紊乱引发的疾病有着重要的意义。本论文对二甲基精氨酸二甲胺水解酶–1(DDAH–1),二甲基精氨酸二甲胺水解酶–2(DDAH–2)进行了分子模拟研究。其研究结果对于治疗NOS功能紊乱的药物设计提供了一定的理论依据。二甲基精氨酸二甲胺水解酶–2的研究。使用Modeler模块模建其三维结构,并用分子力学和分子动力学进行优化。得到的构象应用Profiles–3D程序和Procheck程序评价其合理性。再利用Affinity柔性对接方法,进行了二甲基精氨酸二甲胺水解酶–2与小分子(底物非对称二甲基胺–L–精氨酸(ADMA)、抑制剂L–瓜氨酸、抑制剂L–高半胱氨酸)的对接研究。分析对接结果,找出哪些力在对接过程中起主要作用,并找出相应重要的氨基酸残基。用Ludi测评三种配体与二甲基精氨酸二甲胺水解酶–2结合的情况。二甲基精氨酸二甲胺水解酶–1的研究。利用分子力学和分子动力学的优化获得了更加理想的二甲基精氨酸二甲胺水解酶–1结构。在此基础上进行了与小分子(ADMA、L–瓜氨酸、L–高半胱氨酸)的对接研究,采用Affinity柔性对接方法,分析对接结果,找出哪些力在对接过程中起主要作用,并找出相应重要的氨基酸残基。用Ludi测评三种配体与二甲基精氨酸二甲胺水解酶–1结合的情况。