多GPU节点下的NAMD测试与分析

来源 :华中科技大学学报(自然科学版) | 被引量 : 3次 | 上传用户：UsherChen2431

【摘要】

：

运用大规模分子动力学并行开源代码NAMD测试了深腾7000GGPU集群的性能.在配备有Teslac1060与双路4核CPU的节点上,分别对烟草花病毒(STMV),血脂蛋白(ApoA1)与Tiny这3类分子进行了单节点与多节点的测试.测试结果表明:GPU相较于CPU能获得平均2至8倍性能提升,可为大规模分子的模拟提供高性价比的解决方案.然而,多节点下GPU的利用率却有所降低,其并行扩展性能也受到一定

【作者】

：

桂叶晨刘涛彭蓉文高进

【机构】

：

中国科学院深圳先进技术研究院先进计算与数字工程研究所，广东深圳518055

【出处】

：

华中科技大学学报(自然科学版)

【发表日期】

：

2011年S1期

【关键词】

：

GPU 多节点性能提升分子动力学测试结果血脂蛋白模拟扩展性能

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