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通过对细菌在多孔介质中的生物物理、生物化学过程的分析，对已有的含水层中污染物输运及生物降解数学模型进行了适当的修正和发展，建立了多种情况下的污染物，细菌的输送及生物降解生物降解数学模型。模型中包括对流，机械弥散，分子扩散，布朗运动，泳动，趋化运动，附体（吸附，过滤、沉积、截获等），脱体，生长，死亡等项。应用所建立的数学模型和所设计的数值方法进行的数值模拟与三个实验进行对比发现，该文模型的模拟值与实验值有较好的一致性。