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本研究采用Nested-PCR技术检测柑橘不同部位叶片黄龙病病原携带情况，通过对柑橘黄龙病病原菌16S rDNA的测序并构建系统发育树，比较不同地区柑橘黄龙病病原菌之间的进化关系，并分析不同地区的柑橘黄龙病病原菌16SrDNA的序列差异性。结果表明：顺昌红心柚叶片黄龙病病原菌阳性检出率为58.33％，其中33％(4个)为显性性状，25％(3个)为隐性性状。不同部位叶片内柑橘黄龙病病原16SrDNA的同源性达99％以上。不同地区的柑橘黄龙病病原菌16SrDNA进化分析表明，顺昌柑橘黄龙病病原菌属于亚洲型，其16S rDNA的序列差异性分析表明，亚洲种与非洲种的差异性为2.75％，非洲种与美洲种的差异性为3.90％，亚洲种与美洲种的差异性为3.44％。对红心柚黄龙病株内生细菌进行分离鉴定，分离得到10个属柑橘内生细菌；本文通过内生细菌与柑橘黄龙病病原进行PCC分析，结果表明叶片黄龙病病原存在与否与FJAT-10074(Bpumilus)和FJAT-10067(B thuringiensis)的之间呈显著负相关；不论在叶片还是枝条中，不同内生细菌之间有的存在正相关，有的存在负相关；不同部位枝条之间相关性和不同部位叶片之间相关性都存在显著正相关，这说明柑橘植株作为一个微生态系统，为内生细菌所提供的生存环境都具有高度正相关性，植物本身作为一个微生态系统为内生细菌提供栖息场所，这种微生态系统通过不同微生物种群间的相互作用，建立了一种动态的生态平衡。从柑橘不同器官的生态指数来看，叶片内生细菌SHANNON(H1)指数，枝条内生细菌SIMPSON(D)指数，根部内生细菌均一度都为最高；根部内生细菌SHANNON(H1)指数，根部内生细菌SIMPSON(D)指数，枝条内生细菌均一度都为最低。通过PLFAs(磷脂脂肪酸)标记分析柑橘不同部位，不同健康状态叶片PLFA多样性发现，共检测出了42个脂肪酸生物标记，说明红心柚黄龙病株内生微生物群落PLFAs种类丰富。不同朝向红心柚黄龙病株叶片内生微生物PLFAs含量差异显著，而不同高度和不同健康状态的红心柚黄龙病株叶片内生微生物PLFAs含量存在一定的差异，但差异不显著。总体来看，不同朝向中，东面叶片内生微生物PLFAs含量最大；不同高度中，下部叶片内生微生物PI.Fas含量最大；不同健康状态中，带有黄龙病原叶片内生微生物PLFAs含量比健康植株叶片更大；从不同朝向和不同健康状态两个方面来分析红心柚黄龙病株不同空间叶片的真菌/细菌值和G+/G-值的结论相吻合，即健康叶片的真菌/细菌值和G+/G-值均高于黄龙病叶片，表明健康叶片比带有黄龙病原叶片的内生生态系统的自我调控能力更强。