微生物组学(Microbiome)是指研究特定微生态环境样本中细菌、病毒和真菌的总和的学科,其研究涉及人类健康、农业、生物能源和环境等领域。其中,与人类健康密切相关的是于2001年提出的人体微生物组。人体微生物组是指寄居在人体的全部微生物的总和,可分布于人体皮肤、胃肠道、口腔等部位,不同微生物栖息于不同部位。肠道菌群作为其中研究较多的菌落,已有研究表明其与消化道疾病(炎症性肠病)、代谢性疾病(2型糖尿病)、心脑血管疾病(帕金森综合症)等疾病有关。中药,常作为补益药而长期大量服用,其口服进入胃肠道后,其药理毒理作用受肠道菌群的影响。药理作用方面:肠道菌群被看作人体的"代谢器官",它可产生药物代谢酶参与药物代谢过程,如黄芩苷被菌群转化为黄芩素而发挥作用。毒理作用方面:以何首乌为例,近年研究报道何首乌可导致肝损伤,且伴有恶心、腹泻等症状。大量长时服用何首乌致肝损伤时,使得联系肠肝轴、进入肝门静脉的肠道微生物、环境毒素等增加,这些失调微生物和内毒素进入门静脉后,可激发、释放各种细胞因子和炎症介质,从而加重肝损伤,也加剧了肠道疾病。且有研究采用RT PCR定量分析和体外培养两种方法对实验性急、慢性肝损伤的肠道菌群研究发现,与空白组相比,模型组双歧杆菌数明显减少,肠杆菌、肠球菌和类杆菌数显著增加,且两种方法结果具有一致性。因此,何首乌导致动物肝损伤可能是通过"肠肝轴"作用于肠道菌群,菌群失调和肠功能异常又会加重肝损害,这使得肝功能障碍与肠道菌群之间相互影响、互为因果关系。二、三代测序技术以及宏基因组测序等是目前研究菌群常用的方法 ,将这些生物技术应用于中药学研究,将为中药学科研工作者提供全新的方式。目前,肠道菌群在中药药理毒理研究中的应用存在的主要问题为:1、寻找合适的培养基;由于绝大多数肠道微生物不能进行实验室培养,未来的研究对于寻找一种模拟肠道环境、满足其营养需求的培养基具有重要意义;2、因果关系不明确;中药毒理作用的发生是中药进入体内引发毒性反应导致菌群紊乱还是中药进入体内与菌群发生相互作用而引发毒性反应,尚无定论。这些问题的解决,有助于更加全面、科学地了解中药,加快中药现代化、国际化进程,为中药的临床应用提供更加合理、科学的依据。