在日本，医院药师的工作不仅限于传统的处方调剂和药品管理，还包括对患者进行药物使用指导、对药物不良反应进行监测、以及预防药物副作用的发生。在卫生保健体系中工作的药师，其工作内容包括对处方进行调剂、对患者进行用药剂量的推荐、提供药物相关信息和其他的服务。在医院病房中工作的药师还要进行与患者药物治疗问题相关的疗效和安全性监测。与临床机构中的科研人员类似，药师也要进行临床药理和药物流行病学研究。这类临床研究通常由药师和临床医师共同进行，使用的研究计划需经过伦理委员会批准。药师参与用药回顾过程，尤其应参与研究计划的设计和实施过程，还应对数据进行分析，以获得具有临床意义的研究结果。基于参与研究的医师和药师的一致共识，将合作实验的研究成果作为药物治疗方案进行报告。每个医疗机构可根据患者特点和临床医疗环境的不同，制定各自的用药治疗方案。通过采用药物治疗方案，可以全面提高治疗的质量，包括治疗的有效性和安全性，可以减轻临床医师的负担，并有助于药师在多学科治疗团队中发挥重要的作用。