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猪流行性腹泻( porcine epidemic diarrhea,PED)是由猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)引起的以呕吐、水样腹泻和脱水为主要特征的猪肠道疾病,给亚洲养猪业造成了严重的经济损失.本研究测定了2011-2014年间的11株PEDV全基因组序列,并与NCBI已公布的其他38株PEDV全序列进行遗传进化分析,并根据219个亚洲毒株的S基因序列探索PEDV在亚洲流行的时空性.结果显示,11株PEDV基因组全长均为28038nt(不包含PolyA),相互间同源性在97.5％至99.7％,且总计存在2373个点突变.49株PEDV的序列变异分析发现全基因组中存在4个高突变区域,分别命名为V1,V2,V3及V4.其中Vl位于nsp2及nsp3之间,V2位于S基因的氨基端,V3位于S基因的羧基端及ORF3之间,而V4位于N基因中,其中S基因突变率最高.全基因组的系统进化树表明PEDV毒株可以分为两个大群:流行群(PX)及经典群(CX).流行群均来自2008年后分离的中国及美国株;而中韩两国2008年前的分离株及欧洲经典株CV777均包含于经典群,暗示PEDV毒株2008年前后发生重大变异而提高其扩散效率及致病力.区分流行群(PX)及经典群(CX)毒株的差异主要位于S基因的氨基端1-1179bp(NTD).同时根据S基因全长及NTD序列同样可以将49株PEDV分为经典群及流行群,暗示S基因可以代替基因组研究PEDV毒株之间的遗传区分.219个背景清楚的S基因的系统进化树亦分为明显的流行群(PX)分支和经典群(CX)分支,同时又各自分为若干亚群:PXla,lb,lc,2a 2b,2c及CXla,lb,lc.中国的流行情况最复杂,包括了PX2b及PX 2c以外所有亚型,其中PXla是主要流行亚群;韩国次之,包含了PXlb、PX2b、PX2c及CXlc四个亚群,目前PXlb是主要流行亚群.另外PXla,PXlc,CXla及CXlb仅在中国流行,而PX2c只在韩国流行,表明PEDV的流行亚型存在一定的地域性;另外,CXlc亚群最为复杂,可能是PEDV重组变异的起点.从219个样本的地理分布分析,中国的疫情已扩散至整个东南部,甚至蔓延至四川、东北等,韩国同样面临这个问题,而泰国及台湾疫情也逐渐蔓延.根据219株S基因的背景信息及遗传特点,重建了PEDV在亚洲流行的时空性.截止至2005年,PEDV流行以经典群毒株为主;而至2010年,流行群毒株率先在韩国、泰国及日本逐步爆发流行,而中国直到2011年才有流行群毒株的报道,并突然大范围频繁爆发,持续至今.目前,引起亚洲各国PEDV持续爆发的毒株主要来自流行群.通过重建了PEDV在亚洲流行的时空性,初步说明PEDV不断地由经典群向流行群进化,疫情不断蔓延且流行亚群逐渐复杂,而S基因特别是氨基端l-1179bp基因发挥了关键作用.