在考虑喀斯特地区特殊生态水文地质背景基础上的小流域的准确划分，突破传统非喀斯特地区基于DEM单一数据源的小流域划分方法，综合地质背景、生态水文、地形地貌特征，对比地表水系与地下河网水文特征，对小流域空间形态进行了提取划分。结果表明：(1)喀斯特地区在特殊生态水文地质背景下，传统小流域划分并不能很好地反映小流域科学特征，只有在考虑地表与地下空间的小流域系统才具有科学的指导意义；(2)在结合示踪分析、岩性组合、岩层特征、地表水系基础上的小流域划分方法是可行的，其结果充分反映了喀斯特地区基本特征，对于破解喀斯特地区可持续发展的关键脆弱性因子(水土时空分布不均)具有重要指导意义；(3)研究以喀斯特高原面上的普定县为案例，将地表水系与地下河网进行综合分析，提取出23条喀斯特小流域，在流域综合特征分析的基础上，对全县小流域进行了分类，并对其优化调控提出了策略性安排；(4)在进一步完善研究方案的基础上，按照本研究形成的方法体系，对喀斯特地区其它地貌区的小流域进行重新划分，并对其进行生态水文分区分类，对于指导区域石漠化治理、扶贫开发、生态建设具有重要意义。