【摘 要】
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目的 探讨我国北方五省(黑龙江、吉林、辽宁、内蒙古和宁夏)结核分枝杆菌北京谱系菌株的群体多样性、起源进化及群体间基因流动特征.方法 对北方五省212株北京谱系结核分枝杆菌进行24位点MIRU-VNTR基因分型分析,计算各VNTR位点的HGI值.基于MIRU-VNTR分子遗传标记,从个体水平构建N-J系统发育树和最小生成树.进一步用Populations 1.2.32软件从群体水平构建系统发育树,在
【机 构】
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河南工业大学 北京市结核病胸部肿瘤研究所
【出 处】
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中华医学会结核病学分会2012年学术大会
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目的 探讨我国北方五省(黑龙江、吉林、辽宁、内蒙古和宁夏)结核分枝杆菌北京谱系菌株的群体多样性、起源进化及群体间基因流动特征.方法 对北方五省212株北京谱系结核分枝杆菌进行24位点MIRU-VNTR基因分型分析,计算各VNTR位点的HGI值.基于MIRU-VNTR分子遗传标记,从个体水平构建N-J系统发育树和最小生成树.进一步用Populations 1.2.32软件从群体水平构建系统发育树,在该发育树基础上利用Ytime软件通过贝叶斯模型计算最近共同祖先.通过分子方差分析了解五省菌株间的遗传进化情况.结果 24位点MIRU-VNTR的HGI值总体都比较低(0.000～0.805).个体水平系统发育树显示五省菌株分散存在于发育树的各个分枝,最小生成树中约60.8％ (129/212)的菌株被划分到同一“克隆复合群”.群体水平系统发育树显示212株北京谱系结核分枝杆菌与Beijing谱系(MIRU-VNTRplus数据库)的遗传关系最近(bootstrap值为100),最近共同祖先为5,052年(95％CIs:4,000-6,200年).黑龙江与吉林、辽宁；内蒙古与辽宁；宁夏与内蒙古之间遗传分化不显著(P)0.01).结论 北方五省北京谱系结核分枝杆菌之间的遗传多态性较低.各个省份内部菌株之间种系发生关系不明显.推测这些菌株是大约5,000年前结核分枝杆菌北京谱系的某一“克隆”发生扩展的结果.地理位置接近的省份,菌株间存在基因流动现象.
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