目的：阐明Pax6基因调控角膜上皮干细胞增殖与分化的分子机制,为角膜缘干细胞缺乏类眼病的细胞治疗开创新的思路。方法：构建过表达Pax6-EGFP的慢病毒载体和表达靶向Pax6的microRNA慢病毒载体,侵染人原代克隆培养的角膜上皮干细胞,通过克隆形成率实验分析Pax6表达水平对角膜上皮干细胞增殖能力的影响；在小鼠角膜上皮干细胞系TKE2细胞中过表达Pax6,并在终末分化的中央小鼠角膜上皮细胞中敲低Pax6表达,通过免疫荧光染色、免疫荧光印迹分析角膜上皮中Pax6表达水平对p63的影响；在TKE2细胞系中单独或共表达Pax6和ΔNp63α,通过MTT、qPCR分析Pax6和p63表达变化对角膜上皮干细胞增殖率及与增殖相关标记物Ki67、K14和K15表达的影响；构建KI2启动子-报告基因活性分析载体,单独或共表达Pax6和ΔNp63α,分析Pax6和p63表达变化对角膜特异性K12转录活性的影响。结果：原代培养的角膜上皮干细胞中过表达Pax6后克隆形成率较对照组显著降低,而敲低Pax6对克隆形成率无显著影响；TKE2细胞中过表达Pax6可以下调ΔNp63蛋白和mRNA水平,而在小鼠中央角膜上皮中敲低Pax6则可提高ΔNp63含量；组成性表达ΔNp63α可以阻断Pax6过表达所引发的TKE2细胞生长抑制,并且回复由Pax6过表达引起的K14和K15的表达下调；在启动子-报告基因模型中,Pax6对K12转录的促进作用可被ΔNp63α所阻断。结论：Pax6可通过下调ΔNp63的表达来抑制角膜上皮干细胞增殖；Pax6的表达可促进角膜上皮干细胞的分化,而组成性表达ΔNp63α的可拮抗Pax6的促分化作用。