本文探讨了生物完整性评价指标的研究进展及适应性IBI指数在河流健康管理中应用,列举了长江中上游地区IBI指标评价指标体系构建,并对中游浅水湖泊和上游三峡库区的生物完整性演变趋势作了评价。结果表明长江流域多年来(1964 ～1998年、1997～2002年、2003～2008年、2010年)鱼类生物完整性的变化呈明显下降趋势。中游浅水湖泊受人类干扰较大的湖泊或者年份IBI得分较低；在长江上游三峡库区江段,随着从坝前向库尾延伸,IBI指数值呈现递增趋势。库尾江段的健康状况明显优于库区中下游江段,同时支流江段的健康状况明显优于库区干流水域；此外,受工程影响较小的巫山江段的健康状况也优于受电站影响较大的北碚江段。但总体而言,各个江段的生物完整性等级均为差(IBI值＜42)。上述案例所呈现的生物完整性的时空变化趋势与其他相关研究所反映的长江流域水环境质量互为补充验证,可以为湖泊管理、持续发展和利用以及水环境保护提供更为充分的科学依据。