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医师绩效考核是医院加强医师管理，提高医师执业水平的有效方法。但是考核流程涉及多职能科室，需要大量业务数据的上报。同时由于医师绩效考核并没有成熟固定的模型，需要不断改进考核指标，这些问题都给绩效考核带来大量繁琐的工作，进而影响了效率和实时性。本文通过对考核业务需求分析，利用信息系统原型开发方法，以实时的业务数据为基础，设计了可以进行灵活配置的医师绩效考核系统。通过该医师绩效考核系统的应用提高了考核工作效率和考核标准的一致性，考核指标的可配置也为绩效考核工作的持续改进打下良好基础。