当前，我国积极探索建立生态补偿机制，并将其作为解决我国在区域和流域中面临的生态环境问题的重要手段。在生态补偿实践中，相对于市场补偿机制的补偿方式，政府补偿机制以其政策性强、容易启动、目标明确等特点而被广泛采用。当前，在我国中央和地方层面计划和已实施的生态补偿实践中，政府补偿机制发挥着不可替代的作用。在政府补偿机制中，财政转移支付是生态补偿最重要的手段。本文就1994年国家进行分税制改革后，中央及地方政府实施的具有生态补偿作用的财力性转移支付与专门针对生态补偿的专项转移支付进行全面详细分类的基础上，阐述了构建与生态补偿机制相协调的财政转移支付制度的必要性，并对我国现行生态补偿实践中财政转移支付制度的缺陷和不足进行了深刻的剖析，最后，提出了优化当前生态补偿实践中财政转移支付制度的建议。