近年来，医疗损害赔偿纠纷频繁发生，且有愈演愈烈之势，影响亦愈来愈广，如备受社会各界广泛关注的肖志军拒绝签字导致母婴双亡案，其根源在于医疗损害赔偿纠纷中存在诸多冲突：一是医疗损害赔偿纠纷法律适用“二元化”的冲突，导致医疗事故损害赔偿纠纷标准低，一般医疗损害赔偿纠纷标准高。对此应当遵循：医疗事故损害赔偿纠纷严格按照《条例》规定进行、一般医疗损害赔偿纠纷案件也应当参照《条例》规定进行、当事人选择了违约责任，应按《合同法》的规定处理、非医疗行为引起损害后果适用其他法律规定。二是医方的告知义务与患者的知情同意权存在冲突。知情同意，医患关系的死结。这就需要转变告知理念、完善告知形式、规范知情同意权、完善医疗保障。三是举证责任存在冲突，即患者认为均由医方承担举证责任，医方认为实行举证责任倒置加重了举证责任。为此，必须明确患者的举证责任和医方的举证责任。四是医疗事故鉴定与司法鉴定存在冲突。医方认为，医疗事故鉴定是唯一的鉴定程序。患方认为，医疗事故鉴定是“兄弟鉴定兄弟”，缺乏公正性，追求司法鉴定。医学会组织的医疗事故鉴定与司法鉴定机构进行的司法鉴定并行，并且在很多案件中形成了冲突。为此必须做到：构筑统一的司法鉴定；构筑独立的医疗鉴定机构；赋予法院的全面审查权。因此，必须在医方与患者之间的寻求平衡点，以缓和医患双方当事人之间的冲突，以维护医方和患者之间的利益平衡而不懈努力。