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质谱技术是进行蛋白质鉴定研究的主要技术，其中串联质谱技术是将肽段打碎成碎片，通过各碎片离子的质量差确定肽段具体的氨基酸序列，通过质谱图比对鉴定蛋白质或肽段的技术。质谱仪是串联质谱技术的专用设备，由离子源、质量分析器、检测器和真空系统组成。对蛋白质处理后进行通过串联质谱技术获取质谱图，通过从头测序、数据库搜索和肽序列标签三种方法对串联质谱数据进行分析后可获得鉴定结果。