近年来的中医现代研究业已证明，很难以某种生物学指标来解释中医理论的复杂问题。这就提示，应该从一系列生物信息的系统集成("组装")来解释复杂性理论，并进一步解析其如何"组装"而体现出相应功能。系统生物学核心理念是系统整合性。是在基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学等一系列日趋成熟的组学测定技术以及生物信息学快速发展的基础上诞生的，通过综合使用各类大规模信息提取和处理技术，采用健康和疾病系统的比较研究策略，动态分析生物网络在健康态和病理状态下的结构组成和动力学参数，通过数学建模发现其调控规律和中间过程，最终希望能揭示生命的本质以及复杂性疾病的发生、发展和转归的机制，加速治疗药物的发现和开发进程。在中医病机理论和整体观的指导下，我们运用转录组、代谢组、元基因组等系统生物学分析技术，对慢性乙型肝炎及乙肝后肝硬化患者和健康者的血液、尿液、粪便样品进行研究，揭示出慢乙肝肝胆湿热、肝郁脾虚、肝肾阴虚证，乙肝后肝硬化湿热内蕴、肝肾阴虚证等主要证候分类的部分生物学物质基础。慢乙肝肝胆湿热证以能量代谢异常为主要特征，肝郁脾虚证以能量和氨基酸代谢异常为主要特征，肝肾阴虚证以氨基酸代谢异常为主要特征。而乙肝后肝硬化则表现为能量代谢、氨基酸代谢、激素代谢、胆汁酸代谢、肠道菌群代谢严重紊乱，其肝肾阴虚证的能量代谢紊乱更为显著，湿热内蕴证的肠道菌群代谢紊乱尤为显著。这些成果不仅发现了具有潜在证候诊断和评价用途的标志性物质和差异表达谱，可揭示中医证候分类的部分科学内涵，同时为实现客观化的中医证候诊断和评价提供了应用发展基础。围绕"证候病机及其与疾病和方剂的相关性"这一证候研究的重要科学问题，基于肝硬化的气虚血瘀"病"病机与湿热内蕴及肝肾阴虚这两个主要"证"病机，采用益气、祛瘀、养阴及清热利湿4首不同功效的古典方剂，进行4种不同因素制备的大鼠肝硬化模型的方效比较，以整体综合药效为判识标准，围绕肝纤维化、肝硬化的病理生物学，应用基因芯片与蛋白质组学技术，探讨有效方剂方证相关的病理生物学基础。结果显示，不同因素制备的同疾病模型具有不同功效方剂的取效的病理基础；益气化瘀相对于"病"病机，作用于疾病治疗的靶标；黄芪汤益气作用机制为提高肝组织HGF的表达、抑制TGF-β 1的表达以及肝内细胞转分化(肝星状细胞→肌成纤维样细胞)；而提高肝组织胶原降解活性、促进纤维组织的消解是下瘀血汤祛瘀的关键环节；肝组织炎症病理及肝脏代谢病理变化是构成茵陈蒿汤与一贯煎不同方证的病理学基础，以库普弗细胞为中心的炎症病理及脂肪酸代谢异常是茵陈蒿汤的方证基础，肝实质细胞衰减及蛋白合成功能降低是一贯煎的主要方证病理变化。表明基于临床疾病证候病机的"病-方-效-证"是探索疾病中医辨证论治生物学基础的重要途径。