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带有断层的地质体建模难于层状地层，是当前研究的难点，模型完成后的三维空间分析功能目前也处于研究阶段，是当前研究的热点。以某石膏矿为例，介绍了利用存在地层倒转、地层缺失等复杂钻孔数据进行三维建模的流程以及模型建立后的三维空间分析方法和地学应用，尝试了三维GIS空间-属性查询、空间裁剪、纵剖面横切面的自动生成方法和实例研究。结果表明，地质体和构造的特征的三维建模和空间分析有利于地质演化的理解和开采设计的优化。