取消农业税对传统的以农业税费为主要来源的县乡财政收入结构、低水平自我平衡的县乡财政支出结构和层级分明、自成体系的县乡财政运行管理体制产生了较大冲击和深刻影响.作为农村税费改革的一个重要组成部分,近年来,县乡财政收入、支出和运行管理等方面作出了一系列适应性调整,取得了一定成效,但仍然存在一些问题.按照健全完善公共财政体系,扩大县域发展自主权,增强县域经济活力和实力的要求,应坚持多予、少取、放活方针,加快完善创新县乡财政体制,逐步建立职责清晰、权责对等、收支平衡、管理有序的基层财政管理体制.要以现有事权格局为基础，逐步建立起基本支出以县为主、重点支出分级投入、省级统筹、管理以县为主的模式，建立县乡财政收入稳定增长机制、县乡最低财力保障机制和引导财力向下转移的诱导激励机制，促进基层政府财政能力均等化，继续推进“省直管县”和“乡财县管乡用”改革，实现财政管理“扁平化”，以县为主开展农村公共投入整合，建立“自下而上”和“自上而下”相结合的农村公共投入决策机制。