通过EST-SSR 标记对112 份茶树资源材料进行基因分型，开展了分子标记与新梢一芽二叶长（BL）、一芽二叶百芽重（BW）、叶长长度（LL）、叶片宽度（LW）、咖啡碱含量（CAF）、氨基酸含量（AA）和茶多酚含量（TP）共7个茶树表型性状关联的初步分析。结果表明，在不考虑位点间的连锁不平衡（LD）和供试群体的结构（SA）时，利用ANOVA方法可检测到三个EST-SSR 位点185、121 和153 与五个表型性状显著相关，其中标记185 同时与4个表型性状BL、BW、LL 和LW 显著相关，标记121 同时与3 个表型性状BW、LL 和LW 显著相关，而153仅与AA 显著相关。但在考虑位点间的连锁不平衡和供试群体结构的情况下，通过回归分析仅鉴定出2 个EST-SSR 标记153和84与两个表型性状显著关联，其中标记153 与性状LL 显著关联，对表型变异的解释率为0.07，而标记84 与性状TP 显著关联，对表型的解释率为0.35。两种检测方法中，仅有一个标记153 被同时检出，但与之关联的性状却存在差异。在不考虑供试样本群体结构的情况下，亚群的混合使整个群体所估计的LD 强度增强，可能导致多态性位点与性状的相关性并非由功能性等位基因引起，从而可能提供了假阳性结果。因此在关联分析前有必要对群体结构进行分析和调节。