目的：牙组织源性间充质干细胞是牙齿组织再生领域一种可靠的种子细胞。然而,间充质干细胞定向分化的分子机制仍不清楚,这也限制了间充质干细胞的潜在应用。三甲基化H3K4与基因活化和骨向分化密切相关。我们通过根尖牙乳头干细胞来研究间充质干细胞骨向分化过程中三甲基化H3K4修饰的基因启动子区域的基因变化。方法：使用CHIP-on-chip的方法比较分化与未分化根尖牙乳头干细胞(SCAP)基因启动子区域三甲基化H3K4图谱,碱性磷酸酶活性检测、茜素红检测、钙离子浓度定量检测、成骨相关基因表达以及裸鼠回植实验用来研究根尖牙乳头干细胞(SCAP)的成骨分化潜能。结果：在已分化的根尖牙乳头干细胞,119个基因启动子展现出在三甲基化的组蛋白3第4位赖氨酸大于两倍的增长,21个基因启动子展现出在三甲基化的组蛋白3第4位赖氨酸大于两倍的降低。根据根尖牙乳头干细胞骨向分化中高表达基因,WDR63可能是控制间充质干细胞成骨分化潜能的一个关键因素,通过获得性及丧失性功能实验,我们发现WDR63增强了体外碱性磷酸酶活性、矿化能力以及BSP、OSX和RUNX2的表达。另外裸鼠体内移植实验表明WDR63促进了根尖牙乳头干细胞的骨向分化。结论：结果表明WDR63是根尖牙乳头干细胞成骨分化的一个关键的增强剂,并且WDR63信号通路的激活将会促进由牙组织源性间充质干细胞介导的组织再生。