牛流行热病毒(BEFV)可引起牛流行热,尽管给养牛业造成严重的经济损失,但是其与宿主的相互作用机制知之甚少.病毒的感染和致病是一个非常复杂的过程,病毒侵染宿主后能够引起易感细胞的一些调控基因差异表达及其所介导的信号通路改变,造成细胞生理功能异常从而导致疾病的发生。本研究从病毒与宿主相互作用的角度入手，利用RNA-seq表达谱测序，检测BEFV感染MDBK细胞24h后mRN表达，进行羞异表达基因的筛选，发现3076个上调基因和3299个下调基因。GO分析结果表明，羞异基困参与的分子功能主要有催化活性、结合活性、酶调节活性、分子转导活性和蛋白结合转录因子活性等;参与的生物学过程主要有免疫过程、生物调节过程、代谢过程和应激反应等。对差异表达的基因进行Pathway分析结果显示，所筛选得到的差异表达基因参与细胞自噬、凋亡、NF-Kll、mTOR信号通路及P3MAPK信号通路等多条通路。利用q-PCR方法对筛选得到的与细胞自噬相关的差异表达基因进行验证;同时对牛流行热病毒不同时相感染易感细胞的miRNA的表达谱数据进行分析，发现了19个差异表达miRNA，参与调控多种细胞代谢通路。本研究从病毒感染的宿主基因水平阐述病毒与宿主之间的相互作用关系，这为研究宿主调控病毒感染、复制及致病机理研究提供线索。