染色体片段导入系(Chromosome segment introgression lines,CSIL)是利用杂交,回交和分子标记辅助选择(marker assisted selection,MAS)构建的覆盖作物整个基因组的一系列近等基因系。它的基因组内只有来自供体亲本的一个纯合的染色体片段,而基因组的其余部分与轮回亲本相同。它是进行基因组研究,特别是QTL定位的理想材料。本研究以陆地棉遗传标准系TM-1为轮回亲本,抗病、优质的海岛棉海7124品系为供体亲本(非轮回亲本),在回交高世代结合覆盖全基因组的SSR分子标记辅助选择,培育了国内首套陆地棉遗传标准系TM-1背景的海岛棉染色体片段导入系169个(273个导入片段),其基因组的覆盖率达80.4%。利用导入系进行了基因定位和QTL分析的研究工作。利用两个导入系IL-015-A2-3和IL-170-D1-5-2与TM-1配置的F2次级分离群体将棉花的光滑茎基因T2b定位在染色体chr.D08上的标记JESPR291和NAU3324之间,遗传距离分别是3.6 cM和1.6 cM。将具有亚鸡脚叶基因L2s的两个置换系IL-010-D1-5和IL-170-D1-5-2分别于TM 1配置F2次级分离群体,进而将其定位在chr.D01上的标记JESPR152和NAU3040之间,遗传距离分别是1.8cM和5.2cM。除了定位质量性状基因外,还开展了纤维品质和产量组分(铃重和衣分)方面的QTL定位研究。