代谢组学作为系统生物学的一个分支，是一种基于全局观点的整体性研究方法。基于代谢组学研究中药复方，既符合中医的整体观、动态观、辨证观等指导思想，又能与现代科学先进技术相结合，被广泛应用于病证相关领域研究，具有整体性、动态性等研究优势。被广泛应用于中医证候、药效机制、中药毒理、针刺疗效等方面的研究[1-3]，成为揭示中医药作用物质基础及阐释相关效应机理的有力工具，逐渐成为中药复方研究领域内的新热点。病证结合，即指西医辨病与中医辨证相结合，是借助于现代医疗检测手段、现代医学理论及思维方法对患者做出疾病诊断，在此基础上应用中医辨证思维进行临床辨证，指导治法、组方、用药，最终达到提高临床疗效的目的。代谢组学在病证相关中药复方研究中的应用主要集中在针对中医证候、西医病种、病证结合相关中药复方三方面的研究。凭借代谢组学技术研究中药复方治疗西医定义下"疾病"的作用机制是目前研究的主要热点，一方面是由于相较于"病证"来说"病症"的概念在一定层面上更具有普识度，另一方面也是由于在基于"病症"的概念下更易于将代谢组学与中医药的临床研究相结合。目前应用代谢组学技术探寻中药复方干预病证机制的相关研究较少，却也为今后代谢组学更广泛的应用于中药复方领域的研究提供了更多的可能。在基于代谢组学的病证相关中药复方研究中，目前主要集中在循环系统疾病、消化系统疾病及骨关节病、抑郁症等方面的研究。在今后的研究中，可将代谢组学技术与功能性胃肠病研究相结合，在探寻疾病、病证本质及机理的同时，提供以此为依据的科学评估方法，一方面可作为发展诊疗手段、制定诊疗方案的基础，另一方面可为开展相关研究提供科学的评价依据。