目的：通过展示中国近年探索肾阳虚证-基因组的研究和发展，强调研究证候基因组是当今科技进步、时代发展的必然趋势，然其“探微索隐”是十分艰巨的，应该长期地坚持证候基因组这一大方向的研究。方法：在肾阳虚证的单个基因、个别基因、多个基因研究积累中;在万人流行病学调查与典型肾阳虚患者筛选的背景中，概述研究肾阳虚证候基因组的基本状况。结果：通过基因芯片等现代技术，对肾阳虚证通过病证结合、普查辨证、家系分析、温针反证、温肾反证、动物实验等六个方面的研究,发现肾阳虚证的差异基因表达谱频率较多、较为集中地出现于免疫和代谢的两类基因。讨论：前瞻的认识是“证乃一类功能基因组”，面对肾阳虚证候-基因组这一复杂性的科学问题，虽然候选基因还是极其有限的第一步探索，但已为今后扩大候选基因打下了基础，第二步应辨析肾阳虚证的主效基因和相关基因,第三步再研究肾阳虚证候基因功能组合的数学模型。本文前瞻多学科对证候功能基因组的科学意义，提示了它研究的价值和前景，如能深入下去必将有利于中医科技向人类基因组学、功能基因组学、生物信息学前沿的穿插与赶超。