拟穴青蟹是我国重要的海水养殖蟹类,广泛分布于我国东南沿海,在我国渔业经济中占有重要的地位。对拟穴青蟹野生资源及养殖群体的遗传背景及遗传多样性进行研究能够为野生资源的保护、可持续开发及人工选育提供重要的第一手资料。但是,目前尚缺乏进行上述研究所需的分子标记,如:微卫星标记等。本研究采用三种不同的方法(构建基因组富集文库法、PIMA法、数据库查找法)发掘拟穴青蟹多态微卫星标记,并评价其多态性水平。研究结果表明,第一种方法获得的多态性位点数目最多,为54个,第二种方法获得的数目最少,为12个,而第三种方法获得的数目居中,为18个;位点杂合度分析表明三种方法所获得的微卫星位点的平均杂合度分别为0.65、0.76、0.67;第三种方法所获得的微卫星位点均来源于功能基因或EST序列,但是并没有表现出低的杂合度趋势,这很有可能是由于这些位点位于内含子或5’、3’非翻译区;哈代-温伯格平衡检测表明这三种方法所获得的微卫星位点分别有18.5%、25.0%、11.1%偏离平衡;从实验费用角度来看,第三种方法的获得率最高,其次为第一种方法,第二种方法获得率最低。总之,本研究发掘了84个多态性微卫星分子标记,将为拟穴青蟹遗传多样性研究、连锁图谱构建及分子标记辅助育种提供候选标记。