以现代农业产业技术体系为研究对象,以产业链与技术链双向融合为切入点,以新型经营主体培育为研究视角,运用DEA-HR-LCV三步法,测度与分析农业科技创新系统的协同创新能力及空间异质性,系统内部子系统间的相互融合程度、制约因素及空间差异.研究结论显示:(1)农业科技研发团队的规模效率仅为0.465,是制约农业科技研发团队技术效率提升的主要因素,规模化农户的技术效率普遍高于普通农户,但提升幅度不大,主要是由于规模效率的提升导致管理效率的下降,专业协会组织作为新型农业科技推广与社会化服务组织,其技术效率显著高于传统农业科技推广部门;(2)不同的农业科技创新系统模式的协同创新能力有所差异,“农业科技研发团队——专业协会组织——种植大户”科技创新系统的协同创新能力表现最好,整体处于“协调且一般有效”状态,但依然处于初步的协同有效发展,而农业技术创新链与产业链的“极弱融合”是主要制约因素;(3)农业科技系统内部子系统间尚未实现深度融合,且存在较大的区域差异,尤其是农业技术创新链与产业链之间,呈现“极弱融合”状态,融合程度仅为0.022,究其原因,或是科研及研发不足,或是农业科技推广与社会化服务不足,亦或是农业科技采纳与应用不足.根据上述研究结论,作者提出了加快新型经营主体的培育与完善、深化农业科技体制改革、加强农业技术创新链与产业链的深度融合,以及构建与完善农业科技创新系统的协同机制等具有针对性的对策建议.