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为了辐照生物活细胞，束流须经由真空隔离窗引入大气环境中。在真空隔离窗的设计中，对结构、材料种类及其厚度的选择既要尽可能地减小束斑展宽，又要兼顾安全性。应用有限元分析软件对不同结构、不同材料的真空窗进行受力分析，模拟真空窗的形变和等效应力，运用强度理论考察候选真空窗的安全性；并运用SRIM程序模拟离子的小角散射、横向射程，计算入射离子的能量、真空窗材料及其厚度、空气层对束斑展宽的影响；最后提出真空窗适宜的结构、材料及厚度范围。