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蛋白质组学是在整体水平上大规模研究机体蛋白质特征的学科，包括蛋白质的表达水平，翻译后的修饰，蛋白与蛋白相互作用及蛋白质定位等，由此在蛋白质水平上获得对细胞代谢、疾病发生等生理病理过程的整体而全面的认识。其研究策略一方面是对生物体内的蛋白质进行大规模的分离、鉴定和分析，描述基因产物可能的存在形式，对基因组进行注释，另一方面是利用定量与差异比较的方法，研究动态过程中蛋白质表达量及其修饰方式和相互作用网络的改变。蛋白质组具有时空可变性、放大效应和整体性，它所提供的丰富信息可与疾病发生的复杂性相对应。蛋白质组学因其对蛋白质复杂特性的强大解析能力，成为分子医学研究的新工具，在疾病诊断标志物和候选药靶发现以及疾病相关蛋白质分子网络构建中发挥了重要作用。